கிளிநொச்சி மாவட்டத்தின் பூநகரி பிரதேச செயலர் பிரிவின் கீழ் அமைந்துள்ள மிகத் தொன்மைவாய்ந்த ஆலயங்களில் இரணைதீவு புனித செபமாலை அன்னை ஆலயமும் ஒன்றாகும். 1505 இல் இலங்கையில் கால்பதித்த போர்த்துக்கேயர் வன்னியில் பெறப்பட்ட வரி வருமானப் பொருட்களான யானைத்தந்தம், மரங்கள் என்பவற்றைக் கடல்மார்க்கமாகக் கொண்டுசெல்வதற்கு பருவக்காற்று மாற்றங்களின் போது தங்கிச்செல்லக்கூடிய இடமாகக் காணப்பட்ட இரணைதீவைத் தேர்ந்து கொண்டனர். 1542 இல் புனித பிரான்சிஸ்கு சவேரியார் தமது சீடர்களுடன் வந்து மறைமாற்றப் பணியாற்றிய போது கரையோர மீனவ சமூகத்தினர் பலர் கிறிஸ்தவ மறையைத் தழுவினர்.

இரணைதீவிலுள்ள செபமாலை அன்னை ஆலயம் 16ம் நூற்றாண்டுகளில் ஒரிற்றோரியக் குருக்களால் கட்டப்பட்டதாக வரலாற்றுப் பதிவுகளில் குறிப்பிடப்பட்டுள்ளன.

போர்த்துக்கேயர் காலத்தில் கட்டப்பட்ட ஆலயங்கள் இரணைதீவின் முருகைக் கற்களினால் கட்டப்பட்டுள்ளன. இவ்வாலயமும் முருகைக் கற்களினால் கட்டப்பட்டுள்ளமை குறிப்பிடத்தக்கது.

இலங்கை கத்தோலிக்கரின் வரலாற்றில் 1834 இல் முதல் வழி மீசாம் பங்காக இரணைதீவுப் பங்கு செயற்பட்டுள்ளமை அரச வர்த்தமானிகளில் உறுதியாகியுள்ளது. இரணைதீவுப் பங்கு ஐரோப்பிய நாட்டைச்சேர்ந்த அமலமரித்தியாகிகள் சபைக் குருக்களால் தனிப் பங்காக நிர்வகிக்கப்பட்டது.

நான்கு நூற்றாண்டுகளுக்கு முன்னர் பர்மா தேசத்திலிருந்து வணிகர்களால் கொண்டுவரப்பட்ட உயிர்த்த ஆண்டவர் மற்றும் கல்லறை ஆண்டவரின் திருச்சொரூபங்கள் இவ்வாலய வழிபாடுகளில் பயன்படுத்தப்படுகின்றன.

ஆலயத்தோடு குருமனை, கன்னியர் மடம், பாடசாலை போன்றனவும் இரணைதீவில் அமைக்கப்பட்டுள்ளன. 1992 இல் இங்கிருந்த மக்கள் இடம்பெயர்ந்து இரணைதீவு, வலைப்பாடு, நாச்சிக்குடா பகுதிகளில் குடியேறினர்.

மக்களற்ற இடமாக மாறிய இரணைதீவில் மீள் குடியமர்வின் பின் தற்போது மீண்டும் மக்கள் குடியேறி முழங்காவில் பங்கின் ஒரு ஆலயமாக புனித செபமாலை அன்னை ஆலயம் இயங்கி வருகின்றது.