இவ்வாலயமானது 1960 ஆம் ஆண்டுகளில் குருநகரிலிருந்து கடல்தொழிலுக்காக பள்ளிக்குடாவிற்கு வந்த மீனவர்களால் கட்டப்பட்டது.

இவ்வாலயம் கடற்கரைக்கு மிகவும் அருகில் அமைக்கப்பட்டிருந்தது. இதனால், உள்நாட்டு யுத்தங்களின்போது இலங்கை கடற்படை முகாமின் கட்டுப்பாட்டு வலயத்தினுள்ளிருந்தது. இலங்கை விமானப்படையினரின் குண்டுவீச்சு மற்றும் இராணுவத்தினரின்ஷெல்வீச்சு தாக்குதல்களால் சேதமடைந்தது.

பள்ளிக்குடாவில் அமைந்திருக்கும் ஏனைய கத்தோலிக்க ஆலயங்கள் உருவாகுவதற்கு முன்பதாக பள்ளிக்குடா புனித யூதா ததேயு ஆலயத்திலேயே ஞாயிறு திருப்பலிகள் முதலான ஏனைய அருட் சாதனங்கள் வழங்ப்பட்டுவந்தது.

பள்ளிகுடாவில் மீன்பிடித் தொழிலுக்காக யாழ்ப்பாணத்தின் குருநகர் நாவந்துறை முதலான இடங்களில் இருந்து குடியேறிய கத்தோலிக்கர்களுக்கு திருப்பலிகள் மற்றும் அருட்சாதனங்களை நிறைவேற்றுகின்ற ஆலயமாக 2004 வரை திகழ்ந்து வந்திருக்கிறது. ஈழப் போரின் இறுதிக் கட்டத்தில் மோசமாக இவ்வாலயம் பாதிக்கப்பட்டது மீண்டும் 2010 ஆம் ஆண்டு மீள்குடியேற்றத்தின் பின்னரும் அவ்வாலயம் கடற்படையினரின் கட்டுப்பாட்டிலேயே இருந்து விடுவிக்கப்பட்டது.

பின்னர், மக்களின் காணிகள் மீளக்கையளிக்கப்பட்டபோது கடற்படை முகாமினுள் இருந்த ஆலயக்காணிகள் விடுவிக்கப்பட்டு உரியவர்களிடம் கையளிக்கப்பட்டபோது பங்கு மக்களின் நிதிப் பங்களிப்புடன் மீளக்கட்டியெழுப்பப்பட்டது. ஆயினும் இவ்வாலயத்திற்குரிய காணியின் ஒரு பகுதி இன்று வரை இலங்கை கடற்படையினராலே ஆக்கிரமிக்கப்பட்டு முகாமிடப்பட்டுள்ளது. யாழ்ப்பாணம் குருநகர் பகுதியில் இருந்து பள்ளிக்குடாவிற்கு கடற் தொழிலுக்காக நிரந்தரமாக குடியேறியுள்ள குடும்பங்களாலும், ஏனைய ஆலயத்தோடு தொடர்புபட்ட குருநகரைச் சேர்ந்த குடும்பங்களாலும் இவ்வாலயம் நன்றாகப் பராமரிக்கப்பட்டு வருகிறது.

வருடம் தோறும் ஏப்ரல் மாதம் நான்காவது ஞாயிறு அன்று மூன்று நாள் கொடியேற்றம் மற்றும் ஆயத்த நாட்களின் பின்னர் திருவிழா மிகச் சிறப்பாக கொண்டாடப்பட்டு வருகிறது. இவ்விழாவிற்கு யாழ்ப்பாணம் குரு நகரில் இருந்தும் பெரும் எண்ணிக்கையான கத்தோலிக்கர்கள் பங்கெடுத்து விழாவை சிறப்பித்து வருகிறார்கள்.